Porfirio Muñoz Ledo intentó a principios de septiembre reelegirse como presidente de la mesa directiva de la Cámara de Diputados, violando con ello el acuerdo previo de ceder dicho puesto a un integrante del PAN. Morena planteó una iniciativa para modificar la Ley y legitimar su maniobra. Los diputados de oposición se manifestaron en contra e incluso el presidente López Obrador señaló que las leyes a la medida son una vergüenza y no deben permitirse. Finalmente, el acuerdo original se respetó y la diputada panista Laura Angélica Rojas es la nueva presidenta de la Cámara.
El martes 3 de septiembre la Comisión Permanente del Congreso de Veracruz removió “temporalmente” al fiscal Jorge Winckler. Los senadores panistas reaccionaron presentando una iniciativa para que el Senado declare la desaparición de poderes en dicho estado, pues consideran que la cita remoción rompió el orden jurídico e institucional.
En represalia, el 24 de septiembre, senadores de Morena presentaron una propuesta para decretar la desaparición de poderes en Tamaulipas y Guanajuato, gobernados por el PAN, generando un enorme rechazo a nivel nacional, incluyendo un deslinde del presidente López Obrador. Las propuestas fueron turnadas a la Comisión de Gobernación de la Cámara de Senadores.
El 15 de septiembre, López Obrador envió a la Cámara de Diputados una iniciativa de Ley de Amnistía que busca liberar delincuentes que no sean reincidentes o estén presos por delitos graves. Al día siguiente, Ricardo Monreal, coordinador de Morena en el Senado, señaló que las reformas en materia de regulación de la mariguana y la revocación de mandato se aprobarán en dicha cámara antes del 15 de octubre.
El 10 de septiembre la Cámara de Senadores aprobó una reforma para endurecer el castigo a la defraudación fiscal, que establece como como delincuencia organizada la emisión de facturas falsas por más de 8 millones de pesos y fortalece a los testigos protegidos. Senadores del PAN, PRD y PRI criticaron la reforma y amenazaron con presentar una acción de inconstitucionalidad ante la Suprema Corte de Justicia de la Nación.
El 19 de septiembre en la Cámara de Diputados y el 26 de septiembre en la Cámara de Senadores se aprobó la Ley General de Educación, la Ley General del Sistema para la Carrera de las Maestras y los Maestros, y la de Mejora Continua de la Educación. Con estas leyes se completa la contrarreforma educativa que impulsó el presidente López Obrador. Entre los puntos principales destacan el permitir que los sindicatos repartan plazas y ascensos a los profesores, la desaparición del Inifed, que construía escuelas, y el Instituto Nacional para la Evaluación de la Educación, que será reemplazado con la Comisión Nacional para la Mejora Continua de la Educación.
